為裝備同學面對未知的轉變和挑戰，馬鞍山靈糧小學在課程設計下了一番功夫，為不同年級設計跨學科活動，並將STEM元素滲入不同學科，增加同學動手做的機會，培養科學探究及創新的能力。

自2015年，學校便安排四至六年級同學在英文、數學及常識科，利用平板電腦及不同應用程式輔助學習，先讓同學應用科技於學習中，感受其帶來的好處。至今，電子學習在高年級已發展成熟，超過四百位高年級同學都擁有自己的電腦，進行電子教學。

其後，學校成立STEM小組，由富經驗的老師帶領同學發掘新的構思及發明等。目的不是由老師教學生怎樣做或讓他們跟著做，而是由老師擔任引導角色。胡俊秋校長解說︰「STEM最重要的是構思，繼而如何發揮創意，解決生活上的難題，並鼓勵同學嘗試。即使失敗，他們亦能屢敗屢試，從失敗中學習，終有一天會成功。」