美國浸信會是最早到達離島長洲傳揚福音的西方基督教教會，由傳教士憐為仁（William Dean，1807-1895）於1843年建立第一所教堂，至今已有一百七十多年的歷史。憐為仁早於1842年與傳教士叔未士（John Lewis Shuck，1812-1863）和羅孝全（I. J. Roberts，1802-1871）一同來港傳道，並參與聖經翻譯。憐為仁深諳潮語，能夠親身接觸不少華人，故在港成立香港潮州人浸禮會教會（Hong Kong Swatow Baptist Church）。此外，他也因不時到長洲向漁民傳揚福音，遂亦開創長洲浸禮會教會（Cheung Chau Baptist Church）。

踏入二十世紀，香港浸信自理會（即香港浸信敎會）於1901年組成，成為本地第一間由全華人信徒自行管理的浸信敎會。香港浸信教會於三十年代抗日戰爭期間，籌組香港浸信會聯會，並於1938年3月27日成立，由香港浸信教會、長洲浸信會、香港仔浸信會、九龍城佈道所、油麻地佈道所及紅磡佈道所組成，目的在於聯合傳教工作，以及協力籌款救災。